黒いサングラスでブラックスーツに身を包み、地球上に生息するエイリアンの監視・取り締まりを行う最高機密機関「メン・イン・ブラック」(MIB)。エリート新人女性エージェントMは、ロンドン支部でイケメンチャラ男だが敏腕のエージェントHとチームを組み、MIB内部に潜伏するスパイを摘発する任務にあたる。エージェントの姿に化けたエイリアンを探す為、イギリス、フランス、モロッコと世界各国で捜査を進める二人に危機が迫っていた。スパイが仕掛けた裏工作により、逆に二人はMIBから追われる身となってしまう―。