東京の郊外の大学に通う花（はな）は、おおかみの血を引く《おおかみおとこ》「彼」と恋に落ちた。共に暮らし始めた二人の間に生まれてきた子どもたちは、「人間とおおかみ」のふたつの顔を持つ、《おおかみこども》だった。二人は、雪の日に生まれた姉に雪（ゆき）、雨の日に生まれた弟に雨（あめ）と名づけた。4人のつつましくも幸せな日々は、「彼」の死によって突然奪われてしまう。残された花は、「二人をちゃんと育てる」と心に誓い、子どもたちが将来「人間か、おおかみか」どちらを選ぶこともできるように、豊かな自然に囲まれた田舎町のおんぼろの古民家に移り住むことを決意した。