チキン・リトルは内気でさえない男の子。空から奇妙なかけらが落ちてくるのを目撃するが、町の人々は彼をウソつき少年としてトラブルメーカー扱い。尊敬する父にも信じてもらえなかったことで、ますます自信を失うリトル。そんな時、彼は再び“空のかけら”を発見。変わり者の仲間たちとかけらの正体を追うリトルは、なんと大きな宇宙船に遭遇。かけらは宇宙船のパネルの一部で、やがて宇宙船団が出現し、町は大騒動に陥る。