コスタリカの沖合いに浮かぶ離れ小島、ロス・シンコ・ムエルタス。そこは“サイトB”と呼ばれる、＜ジュラシック・パーク計画＞において恐竜をクローン生産させるための拠点だった。ところがハモンドの会社は倒産寸前で、この危機を救おうと甥のルドローは恐竜を生け捕り、見せ物にする計画を発表する。マルカムはハモンドに探検隊のリーダーを依頼されたが、一度は断った。だが恋人の恐竜学者サラがすでに出発したことを知り、慌てて彼も“サイトB”へ向かうのだが…。